Die Besonderheit des Naturbades ist die rein biologische Reinigung des Wassers. Es handelt sich dabei um ein biologisch-mechanisches Reinigungssystem gem. den Empfehlungen der Forschungsgesellschaft Landschaftsentwicklung Landschaftsbau e.V..
Das Bad wird mit aufbereitetem Wasser aus der Nuhne und nur im Fall des Niedrigwassers durch Trinkwasser aus dem öffentlichen Versorgungsnetz gespeist. Badegäste tragen durch Abwaschungen Nährstoffe, aber auch Bakterien in den Schwimmbereich ein. Planktoorganismen im Beckenwasser können einen großen Teil dieser Einträge direkt aufnehmen. Bei sehr hoher Nährstoffzufuhr kommt es daher zu starkem Algenwachstum, was die Sichttiefe zunehmend verringert. Um dies zu verhindern wird das Badewasser über zwei separate Reinigungskreisläufe aufbereitet.
Das nährstoffreiche und am stärksten verschmutzte Oberflächenwasser wird an den Skimmern entnommen und und durch eine Pumpe auf den Neptunfilter verregnet. Das Wasser wird dort durch die Belüftung stark mit Sauerstoff angereichert. Außerdem stabilisiert das kalkhaltige Material des Neptunfilters den pH-Wert.
Eine weitere Reinigungsstufe ist der Nassfilter, der komplett mit Beckenwasser überstaut ist.
Auf dem Filtermaterial beider Filter bildet sich ein aus Mikroorganismen bestehender „biologischer Rasen“. Algen und schädliche Bakterien aus dem Badebereich werden hier durch Biofixation und Mineralisation „gefressen“ und in ihre chemischen Bestandteile zerlegt. Die Nährstoffen werden dauerhaft in die Filterkörner eingebaut (Adsorption). Darüber hinaus dienen die Nährstoffe auch dem Wachstum und dem Zellaufbau der Sumpf- und Wasserpflanzen in den Filtern. Auf diese Weise werden potentielle Krankheitskeime unschädlich gemacht und eingetragene Nährstoffe dauerhaft dem System entzogen. Neues Algenwachstum wird verhindert. Das Wasser bleibt klar und sauber.